Im Gegensatz zu anderen nationalsozialistischen Lagern, wurde das Außenlager Trostberg nicht durch einen Todesmarsch geräumt. Für die Häftlinge bedeutete dies ein großes Glück, denn die Todesmärschen im Rahmen derer in den letzten Kriegswochen tausende Häftlinge am Ende ihrer Kräfte durch Reste des "Deutschen Reiches" getrieben wurden, endeten für die Gefangenen sehr häufig mit dem Tod. Die Häftlinge starben an Erschöpfung oder wurden von ihren BewacherInnen in einem letzten Akt der Barbarei und dem Versuch die ZeugInnen nationalsozialistischer Verbrechen zum Schweigen zu bringen, ermordet.

Das Außenlager Trostberg  wurde stattdessen im Frühjahr 1944 teil"evakuiert". Das bedeutet, dass ein Teil der Häftlinge ins Stammlager Dachau transportiert wurde, während die im Lager verbliebenen Häftlinge am 4. Mai 1944 von amerikanischen Soldaten in Trostberg befreit wurden. Als amerikanische Soldaten das Außenlager Trostberg am 4. Mai 1945 erreichten, fanden sie dort noch etwa 300 Häftlinge vor. Dabei handelte es sich jedoch nicht ausschließlich um Häftlinge des AL Trostberg. Am 2. Mai trafen in Trostberg zwei Todesmärsche zusammen. Es handelte sich dabei um einen Todesmarsch aus dem KZ Buchenwald, der über das KZ Flossenbürg  geführt wurde.  Die 250 Häftlinge des Marsches aus Buchenwald wurden am 20. April 1944 vom KZ Flossenbürg aus Richtung Süden getrieben. Die Route führte dabei über Höll, Frauenbiburg und Altötting. Der zweite Todesmarsch, der am 2. Mai in Trostberg eintraf, kam aus dem KZ Leonberg  und wurde von dort aus in süd-östliche Richtung über die Lager Plattling und Ganacker geführt. Er bestand aus 300 Häftlingen, die sich am Ende ihrer Kräfte befanden. Einige Häftlinge der beiden Todesmärsche wurden beim Durchmarsch durch Trostberg an das dortige Lager übergeben. Über die genauen Umstände ist nichts bekannt, vermutlich handelte es sich jedoch um marschunfähige Häftlinge.  Für die in Trostberg verbliebenen Häftlinge der beiden Todesmärsche bedeutete dies vielleicht die Rettung, denn die verbliebenen Häftlinge wurden noch am 2. Mai 1945 in Richtung Traunstein weitergetrieben. Am 3. Mai 1945, nur kurz vor dem Eintreffen amerikanischer Soldaten, verübten Mitglieder der SS-Wachmannschaft  in Surberg ein schreckliches Massaker. Sie schossen wahllos auf die wehrlosen Gefangenen des über Trostberg geführten Todesmarsches und ermordeten dabei 66 Häftlinge.

Bereits vor der Ankunft alliierter Soldaten am 4. Mai 1944 war ein Teil der Wachmannschaft des AL Trostberg geflohen. Im Machtvakuum der letzten Kriegstage kam es - wie in vielen anderen Konzentrationslagern - auch im AL Trostberg zu Racheaktionen einiger Häftlinge an ihren Peinigern. Die Rekonstruktion dieser Ereignisse stellt sich dabei als schwierig dar. Relativ sicher scheint, dass ein Ingenieur der SKW von einigen Häftlingen getötet wurde. Ein Zeitzeuge berichtet, dass ehemalige KZ-Häftlinge dem unbekannten Ingenieur ein Kurbelgehäuse umgebunden, ihn anschließend hinter ein motorisiertes Fahrzeug gebunden und damit durch Trostberg geschleift hätten.

Der Tross sei schließlich in der Altstadt (zwischen heutigem Polizeigebäude und dem Gasthaus "Steiner Keller") stehen geblieben. Dort sei der Ingenieur, zu dessen Tod leider keine Unterlagen existieren, von den Häftlingen erschlagen worden.

Anfang Mai wurden in Trostberg zudem 3 SS-Angehörige getötet. Es handelte sich dabei um den am 28.10.1919 in Slawaten geborenen Leopold Bauer. Bauer starb laut Sterbeurkunde am 10.05.1945 im Kreiskrankenhaus Trostberg an einem Schädelbruch. Sowie um den am 01.01.1922 in Warschau geborenen Alfred Holtz. Holtz starb am 05.05.1945 im Kreiskrankenhaus Trostberg an einem Bauchschuss. Für den dritten getöteten SS-Mann existieren leider keine Angaben über Name, Geburtsort oder Todesursache. Der unbekannte SS-Mann starb am 05.05.1945 im Kreiskrankenhaus Trostberg.

Über die Umstände unter denen die drei SS-Männer getötet wurden,  existieren widersprüchliche Angaben: Während der Trostberger Pfarrer berichtet, dass die SS-Männer von Häftlingen erschlagen worden seien, erzählt ein Zeitzeuge, dass einige SS-Männer des Lagers Trostberg nach dem Eintreffen der amerikanischen Soldaten von diesen in den Wald hinter dem Lager geführt und dort erschossen worden seien. In Synthese aus diesen Angaben scheint es wahrscheinlich, dass der am 10. Mai an den Folgen seiner Kopfverletzung verstorbene SS-Angehörige Leopold Bauer von Häftlingen des Lagers schwer verletzt wurde und an den Folgen dieser Verletzungen starb. Die beiden am 5. Mai 1945 verstorbenen SS-Männer wurden hingegen vermutlich von US-Soldaten erschossen.